南京總統府，迄今已有600多年的歷史。明朝初年曾是歸德侯府和漢王府。
清朝為江甯織造署、江南總督署、兩江總督署。清朝康熙、乾隆皇帝下江南時均以此為“行宮”。
1853年3月太平軍佔領南京，定都天京，洪秀全在此興建了規模宏大的太平天國天朝宮殿（天王府）。
清軍攻破南京後，焚毀宮殿建築，于同治九年（1870）重建了兩江總督署。
林則徐、曾國藩、李鴻章、劉坤一、沈葆楨、左宗棠、張之洞、端方等均任過兩江總督。
1911年10月辛亥革命爆發後，1912年1月1日，孫中山在此處宣誓就任中華民國臨時大總統，
並組建了中國歷史上第一個共和制的國家政權——中華民國臨時政府。
